ИПМ ДВО РАН создан 1 июля 1988 года в соответствии с постановлением ЦК КПСС и Совета Министров СССР от 26 сентября 1987г. № 1088 и постановлением Президиума Академии наук СССР от 17 декабря 1987 г. № 11.

Институт является структурным звеном Российской академии наук и входит в состав организаций, находящихся в ведении Дальневосточного отделения РАН. Научно-методическое руководство Институтом и координацию проводимых им исследований осуществляет Отделение математических наук Российской академии наук (ОМН РАН) и Отделение нанотехнологий и информационных технологий Российской академии наук (ОНИТ РАН).

Основными направлениями деятельности Института являются:

- проблемы теоретической математики в области: алгебры и теории чисел, геометрии и топологии, математического анализа и дифференциальных уравнений, математической физики, теории вероятностей и математической статистики;

- математическое моделирование, вычислительная математика и методы прикладной математики;

- теоретическая информатика.

Институт в своей деятельности руководствуется действующим законодательством Российской Федерации, Уставами РАН, ДВО РАН, постановлениями Общих собраний РАН, ДВО РАН, ОМН РАН, ОНИТ РАН, постановлениями и распоряжениями Президиумов РАН и ДВО РАН, Бюро ОМН РАН, Бюро ОНИТ РАН и Уставом ИПМ ДВО РАН. Институт находится в г.Владивостоке и имеет филиал в г.Хабаровске.

С ноября 2007 года Институт возглавляет член-корреспондент РАН М.А.Гузев.